南京市水上運動學校是南京市體育局直屬單位，事業法人，正處級。內設辦公室、人?？?、訓練科、醫療科、總務科、場地器材科和經營開放辦公室，在校教職工45人，其中高級教練2人，中級教練9人，初級教練4人，在訓運動員100余人。學校前身為1956年創建的南京市水上運動站，50多年來，學校獲得世界冠軍1個，亞運會冠軍7個，全國冠軍94個。
學校位于紫金山下的玄武湖畔，整個學校沿玄武湖南堤直線型分布，占地面積約18000平方米，綠化面積5500平方米，建筑面積9000m2，主要有辦公樓、運動員綜合樓、運動員接待中心、興奮劑檢測中心、賽場主席臺、終點計時臺、綜合訓練房、籃球場、網球場、艇庫和浴室。學校擁有訓練水域2200畝，賽道直線總長2200m，寬162m，其中賽艇賽道6條，皮劃艇賽道9條，有上下水碼頭、分段計時臺、發令臺、電子計時計分系統等配套設施。
學校有專業的運動學校校并單獨設有訓練場、訓練房、運動員餐廳，南京宗奧保潔公司針對南京市水上運動學校整體樓宇開荒保潔工作及長期保潔清潔工作。
